La maison actuelle est la deuxième demeure ajaccienne de la famille Bonaparte, qui était venue d'Italie à la fin du XVème siècle. Cette maison ne cessa de s'agrandir au fil des ans. En 1764, Charles-Marie Bonaparte, avocat au conseil supérieur de la Corse, épouse Letizia Ramolino, issue d'une excellente famille d'Ajaccio. Le nouveau ménage occupe l'étage noble de la maison où habite encore le reste de la famille. Leur fils aîné, Joseph, naît à Corte mais Napoléon, Lucien, Louis, Jérôme et leurs trois sœurs voient le jour dans cette maison aménagée avec un cer¬tain luxe.

En 1793, la famille Bonaparte acquise à la République, doit quitter l'île tombée aux mains de Paoli et des Anglais.
Leur maison est pillée et leurs propriétés rurales dévastées. Madame Letizia peut regagner la Corse en 1797 et, grâce à d'importantes indemni¬tés, elle agrandit et embellit la maison par l'achat d'un appartement et d'un nouveau mobilier.
A son retour d'Egypte en 1799, le général Bonaparte découvre une maison rénovée où il ne reviendra plus.

La maison donnée par Napoléon en 1805 à son cousin André Ramolino sera récupérée par l'ex-roi Joseph. en 1843. Sa fille l'offre en 1852 a son cousin Napoléon III.
En 1860, la maison est de nouveau agrandie par l'achat de caves et elle retrouve son mobilier. Pour le centenaire de la naissance de Napoléon en 1869, l'impératrice Eugénie et le prince impérial inaugurent une demeure meublée. En 1920, a la mort de l'impératrice, la maison revient au prince Victor-Napoléon qui en fait don à l'Etat en 1923.