Jean Baubérot, dans son Histoire de la laïcité en France (2005), précise que la notion de pacte laïque n'implique nullement que la séparation des Églises avec l'État soit le résultat d'une négociation de puissance à puissance. Cette notion rend compte du passage d'une laïcité qui était le bien exclusif d'un parti (les tenants de la Révolution française) opposé à un autre (l’opinion définissant la France comme « la fille ainée de l'Église »), à une laïcité qui peut inclure les membres de ces deux France. En 1946 la laïcité est en effet devenue constitutionnelle avec la IVe République, un statut confirmé en 1958 dans la constitution de la Ve République.
Baubérot dégage trois aspects de la laïcité dans la vision de Ferdinand Buisson. L'État est sécularisé, la liberté de croyance et de culte est entière, enfin les croyances (religieuses ou non) sont égales entre elles. Ainsi la laïcité signifie la neutralité de l'État, au service des droits de l'homme et de la liberté de conscience. Les laïcistes construisent, dit Baubérot, une sorte de laïcité intolérante et identitaire en privilégiant le seul critère de sécularisation, qui est pourtant un terme théologique. Certes, une sécularisation sans laïcité serait une sorte d'œcuménisme, non une vraie laïcité. Mais une laïcité sans liberté religieuse serait une sorte d'athéisme officiel, contraire à la liberté de conscience au nom de l'émancipation. Maintenant, les croyants tendent à privilégier le deuxième critère, la liberté religieuse, et les religions minoritaires l'égalité entre les cultes. En tout cas l'égalité de leur propre religion! (Laïcité 1905-2005, entre passion et raison, Seuil, 2004).

Bibliographie
• Le tort d'exister, des Juifs aux Palestiniens, Ducros éditeurs Bordeaux, 1967, 262 p.
• Un christianisme profane ? Royaume de Dieu, socialisme et modernité culturelle dans le périodique « chrétien-social » L'avant-garde (1899-1911), Paris, PUF (Bibliothèque de l'École des Hautes Études, Section des Sciences religieuses), 1978, 2e éd. Archives Karéline, 2009.
• La laïcité quel héritage ? De 1789 à nos jours, Genève, Labor et Fides, 1990.
• Vers un nouveau pacte laïque ?, Paris, Seuil, 1990.
• Pluralisme et minorités religieuses. Colloque organisé par le CNRS et la Section des Sciences religieuses de l'École Pratique des Hautes Études. Avec le concours de la Mission du bicentenaire de la Révolution française, Louvain, Peeters (Bibliothèque de l'École des Hautes Études, Section des Sciences religieuses), 1991 (direction).
• Religions et laïcité dans l'Europe des douze, Paris, Syros, 1994.
• La morale laïque contre l'ordre moral, Paris, Seuil, 1997, 2e éd. Archives Karméline, 2009. Critique
• Histoire du protestantisme, Paris, PUF (Que sais-je ?), 8e édition., 2013.
• Une haine oubliée. L'antiprotestantisme avant le « pacte laïque » (1870-1905), avec Valentine Zuber, Paris, Albin Michel (Sciences des religions), 2000. Ouvrage couronné par l'Académie française.
• Religion, modernité et culture au Royaume-Uni et en France, 1800-1914, avec Séverine Mathieu, Paris, Seuil (Points Histoire), 2002.
• La Laïcité à l'épreuve. Religions et Libertés dans le monde (ouvrage collectif sous la direction de Jean Baubérot), Encyclopædia Universalis, 2004.
• Le voile que cache-t-il ?, avec Dounia Bouzar et Jacqueline Costa-Lascoux, L'Atelier, 2004.
• Laïcité 1905-2005, entre passion et raison, Seuil, 2004.
• De la séparation des Églises et de l'État à l'avenir de la laïcité, avec M. Wieviorka, éd. de l'Aube, 2005.
• Faut-il réviser la loi de 1905 ?, avec Jean-Paul Scot, Christian Delacampagne, Henri Peña-Ruiz, et René Rémond, Paris, PUF, 2005.
• Émile Combes et la princesse carmélite : Improbable amour, roman, éd. de l'Aube, 2005.
• L'intégrisme républicain contre la laïcité, éd. de l'Aube, 2006.
• Histoire de la laïcité en France, Paris, PUF (Que sais-je ?), 6e édition, 2013.
• Les Laïcités dans le monde, Paris, PUF (Que sais-je?), 4e édition, 2010.
• Petite histoire du christianisme, Paris, Librio, 2008.
• Relations églises et autorités outre-mer de 1945 à nos jours, (ouvrage collectif sous la direction de J. B.) éd. Indes Savantes, 2008.
• La laïcité expliquée à Nicolas Sarkozy et à ceux qui écrivent ses discours, Paris, Albin Michel, 2008.
• Sacrée médecine : Histoire et devenir d'un sanctuaire de la Raison, avec Raphaël Liogier, Entrelacs, 2011.
• Laïcités sans frontières, avec Micheline Milot, Seuil, 2011.
• La laïcité falsifiée, Paris, Éditions La Découverte, coll. « Cahiers libres », 2012.
• Une si vive révolte, préface Edwy Plenel, Éditions de l'Atelier, autobiographie, 2014.